考古学家在埃塞俄比亚北部边境的阿克苏姆古城进行考古发掘
中南部非洲广大地区历史上长期未能创制自己的文字，导致这些地区的历史书写面临重重困难，有些困难至今难以克服。而如北非、东北非、西非沿海、东非沿海等地区，虽较早被纳入文字记录体系，但这些文字记录大都带有明显的外部性——它们或来自希腊罗马古典作家，或来自阿拉伯旅行者、地理学家，或来自近代欧洲殖民者。由此，“非洲无历史”“非洲文明外来论”“非洲史即欧洲殖民史”等观点一度盛行。
二战结束后，非洲民族解放运动风起云涌，随着民族独立国家的涌现，非洲史研究开始受到欧美学界的关注，更受到非洲民族主义学者的重视。面对本土文字资料缺乏乃至缺失的困难，考古资料、口述资料、语言资料、人类学资料、外来文字资料等得以被重视。但是，对这些资料的发掘和利用，大部分研究者长期持悲观的态度。这一部分是因为一些研究者始终坚持文字资料的必要性，另一部分是因为非洲的考古资料、口述资料、语言资料、人类学资料、外来文字资料本身确实存在缺陷。
如考古资料，首先是非洲的可考古遗存相对较少，特别是在中南部非洲内陆广大地区，居民生产生活器物和建筑多以有机材料为原料，很难留下具有考古价值的遗存。其次，考古活动中的发掘、测量和研究工作需要较多的财力和物力投入，这对于广大欠发达的非洲国家来说，远非其发展水平所能及。因此，除北非外，在非洲这片土地上所取得的考古成果至今仍比较单薄，远不足以支撑其翔实的历史。
在文字资料和考古资料缺失的情况下，口述资料一度被当作非洲史研究的突破口，因为非洲广大地区有着悠久而丰富的口述传统，包括口述王国史、口述家族史、包含一定历史内核的口述传说、英雄赞歌、仪式性活动的口述记录等。但是，口述资料会面临在传递过程中因记忆失败、情境不同导致叙述变异，以及因解释性篡改造成的混乱或失真问题。此外，非洲的口述资料还常常有时空信息缺失的弊病，因为非洲相当一部分地区没有自己的纪年编年，有些地区还往往以地表特征代地名，极易出现地名混乱的现象。以口述资料书写非洲史在20世纪60至70年代一度大热，但由于上述种种原因，进入80年代后有所冷却。如今，我们仍可以承认口述资料在非洲史研究中的重要地位，但不轻易接受、不单纯依赖也是共识。
语言资料是当下非洲史研究的一项重要资料来源。通过对某些语言进行比较研究，研究者可寻找操相关语言的族群之间的关系，从而了解特定地区的人口流动、族群间互动，还有通过对某些表示作物、牲畜、商品、人物头衔、宗教性活动等的词汇进行识别和分析，认识特定人群的经济、政治和社会生活。语言资料本身的科学性值得肯定，但单纯的语言资料也存在缺陷，其中最显著的就是有效时间框架缺失。以语言变迁来考察非洲历史，特别是殖民时代前的历史，往往需要以百年乃至千年为单位。我们通过语言可以了解经过数百年或数千年后发生的变化，但却无法了解这数百年或数千年间的具体情况，这样的历史未免太过粗略。
人类学资料是民族调研工作者和人类学家对当时当地的记录。欧美人类学家在非洲开展田野调查和研究，非洲的自然、地理、历史、经济、政治、社会、宗教、文化等方面的信息被记入人类学家的笔下，然后再被加以归纳和演绎，成为既具资料性又有学理性的成果。人类学家的资料和研究成果可为非洲史研究所用，或呈现资料和成果本身所针对的“当时”，或用来模拟或辅证“当时”之前，以“今”证“古”。就以“今”证“古”而言，其有效的前提是“今”“古”之间差异不大或至少有一以贯之的联系。应该说，非洲史研究是有这样的情境的。非洲一些偏僻地区的人群相对封闭且孤立，其所在社会的变迁可能会比较小，或者变迁在某个时段内会比较小。但是，封闭孤立不是绝对的。尤其是近代以来，打破这种封闭和孤立变得越来越容易。在这种情况下，以当时当地观察的人类学记录来猜测性地重构过往便须慎重。
外来文字资料也是非洲史研究的一个重要资料来源，特别是自16世纪之后，欧美殖民者的记录日益增多。外来文字资料之用于非洲史研究，一直以来存在争议，因为外来文字资料常常具有明显的外部主观性。比如，古希腊罗马世界的作者笼统地以“野蛮人”来指称非洲人，阿拉伯地理学家和旅行家则倾向于使用“异教徒”这一称呼，近代欧美殖民者的记录可谓丰富多样，但他们的倾向性更加明显，后来更演变成赤裸裸的种族主义，充满歧视意味。这样的情形，不仅仅是资料本身的外部主观性的问题，还需要考虑各种政治性、种族性、非洲国家民族主义等方面的因素，不可随意为之。
应该说，文字资料缺乏造成的非洲历史书写问题是客观存在的，而如考古资料、口述资料、语言资料、人类学资料、外来文字资料，则是既有可利用乃至可倚重之处，也有需要引起重视的地方。在面临种种困难的情况下，非洲史研究者不得不尝试跨学科的方法。比利时学者让·范西纳（Jan Vansina）是现代非洲史研究的奠基者之一，他开创了以口述资料研究非洲史的路径，但后来在意识到口述资料存在的问题后开始探索利用语言资料、器物资料、人类学资料等结合来开展研究；而以非洲语言研究为主的一些学者则利用语言资料来构建非洲历史变迁的大框架，并借助基因分析的成果，不断探索从西非到中南部非洲广大地区的人口移动和族群流变。
在考虑区域和国别差异的基础上，非洲史研究者也在不断寻找具体合适的解决方案。研究西非历史的学者在早期阿拉伯文字资料的指引下，借助考古成果还原了跨撒哈拉沙漠贸易的网络、路线和重要城镇节点等方面的情况，同时将一些考古所得的物品遗存与人类学调查者观察到的现仍在某些地区或社群中使用的器物进行比较，开展经济史和社会文化史方面的研究；研究东非历史的学者把早期亚洲世界的文字资料与晚近欧美殖民者的文字资料进行对照、结合，同时借助在特定的沿海城镇和内陆居住点的考古，探索印度洋世界中东非沿海地区的对外关系史以及东非沿海与东南非内陆地区间的经济社会互动史；研究南部非洲历史的学者面临的本土文字资料缺失和外来文字资料主观性的问题更为突出，于是，考古资料、语言资料、人类学资料、自然科学研究成果等，都得到了最大程度的利用，一些问题得到了解释或解决，还有一些问题则不断引发新的探索。比如广受关注的以大津巴布韦为代表的石建文明的问题，除了历史研究者的努力外，还有考古学家、人类学家、地质学家等在进行调查和研究，有时还需要建筑学方面的知识和数据支持。
近年来，将自然科学的方法和成果用于非洲史研究不断得到发展：如利用分子生物学的方法和成果来研究非洲的族群流变；利用土壤和动植物分析的方法和成果来研究非洲农业史；利用气候、气象和环境科学的方法和成果来探讨非洲的重大历史进程和重大历史事件等。而如疾病史、医疗史、环境史等这样一些本就涉及自然科学的领域也在兴起，成为非洲史研究中颇具吸引力的前沿。
发展至今，“没有文字就没有历史”已不再是缠绕非洲史研究的“魔咒”，没有文字也可以还原历史已被证明在非洲的某些地方是可行的。非洲史研究者起初是不得不寻求跨学科支持，而现在则发展为主动地吸收跨学科的支持乃至主动努力成为一个跨学科研究者。如今，跨学科研究非洲史已是一种共识。在这片广阔天地中，研究者既要看到面临的挑战，又要积极应对挑战，不断探索新角度、新方法、新理论乃至开辟新的领域。