马来西亚是东南亚国家，马六甲海峡所具有的海上重要通道地位，带来了贸易和外国影响，从根本上影响着她的历史，接踵而至的外来影响力，包括来自西方，信仰佛教，印度教的印度，信仰伊斯兰教的中东，以及信仰基督教的欧洲，以及北方的中国和日本，紧接着是二十世纪中叶建立独立于外国殖民势力的国家。
在文化上和语言上，今天的马来西亚与马来群岛之间并没有多少的区别，然而，出自于外部的影响，今天的马来群岛地区被分划成六个不同的主权国家，即是：马来西亚、印度尼西亚、菲律宾、新加坡、文莱和东帝汶。
1、史前时代
在马来半岛、沙巴与砂拉越均有考古遗留出土，人类在这个区域栖息的最古老证据可追溯到距今四万年前，这些旧石器时代猎人可能是塞芒人的祖先，这个矮黑人群体在马来半岛具有极深的渊源。
瑟诺伊人似乎是个复合群体，有一半的母系DNA谱系来自塞芒人，另有一半来自晚近从中南半岛迁来的祖先，学者主张他们是早期南岛语族农耕者的后代，大约在距今四千年前，将语言与技术带到半岛南部，他们与塞芒人结合起来并混血。
原生马来人具有较多样的源头，即使他们显示某些与海洋东南亚的关连，有些人具有来自中南半岛的祖先，约在距今二万年前的最晚近的冰期高峰，某些人类学家支持原生马来人源自今天中国云南的说法，接下来则是在全新世早期，经由马来半岛往马来群岛的人口扩散。
大约在公元前300年，原生马来人遭到次生马来人推往内陆，次生马来人是铁器时代或青铜时代的人群，其祖源部分来自柬埔寨与越南的占族，这些次生马来人是半岛上第一个使用铁器的人群，他们是现在马来西亚马来人的直接祖先。
2、早期王国
印度文明对马来群岛的影响，至少可追溯至公元前3世纪，古代印度人称马来半岛为黄金半岛（梵文：Suvarnadvipa），在托勒密的世界地图上，也称马来半岛为黄金半岛（拉丁语：Golden Chersonese），马六甲海峡则称为象牙海湾（拉丁语：Sinus Sabaricus），印度商人来到马来群岛购买丰富的森林和海洋产品，并与和当时来到这里的华人商人进行贸易往来。
华人与印度人在2世纪与3世纪在此区域建立许多贸易港与城镇，依据中国史料记载，数量多达30个，在公元的最初几个世纪，马来半岛的人们信仰佛教和印度教等等的印度宗教，并采用梵语做为书写文字，1世纪时佛教和印度教均在马来半岛立足，并从这里传布到整个群岛。
伊斯兰教经由印度传到马来群岛，而且有别于中东，这里的伊斯兰教受苏非主义的神秘传统所影响，并吸收某些马来人的原始泛灵论和印度教传统，由于伊斯兰教是借由贸易者，而不是借由军事征服而引进的，因此并没有强加阿拉伯语和阿拉伯政治习俗，由于大多数马来族群无法阅读以阿拉伯语写成的《古兰经》，因此马来地区的伊斯兰教不像阿拉伯世界那么严格，而且由于当地的马来统治者保有他们的权力，伊斯兰教士不像其它伊斯兰世界一般获得政治影响力。
在2世纪与3世纪有为数众多的马来王国，依据中国史书记载达30个，吉打，在古代梵语称为Kedaram或kataha，位于印度人贸易者与国王直接入侵马来半岛的路径上，根据地位于现今印度泰米尔纳德邦的朱罗王朝皇帝Rajendra Chola，在1025年将吉打纳入版图，但他的继承人Vir Rajendra Chola必须敉平吉打的叛乱，以打倒入侵者。
已知最早在现今马来西亚地区立基的王国是古代帝国狼牙脩，位于马来半岛北方的珍尼湖附近，它与位于柬埔寨的扶南有着紧密关联，扶南统治马来西亚北部直到6世纪为止，依据《马来纪年》记载，高棉帝国王子Raja Ganji Sarjuna 在7世纪于现今霹雳州木威（Beruas）创立刚迦王国，5世纪的中国史书提到南方的一座大港Guantoli，位于马六甲海峡之中，在7世纪，史书记载有一个新港口名为“室利佛逝”(Shilifoshi)，据信这是当时唐朝对三佛齐的称号。
3、三佛齐帝国
在7世纪到13世纪之间，马来半岛的许多地区由三佛齐帝国所统治，三佛齐到底在什么地方至今未能考证，估计位于苏门达腊东部某条河的入海口附近，有可能就是今天的巨港。
三佛齐的国王统治着一个由苏门达腊的滨海地区、马来半岛和婆罗洲所组成的、松散的海上王国达700年，其中有部分时间，三佛齐也控制爪哇岛部分地区，不过爪哇岛上的各个小王国始终抗拒三佛齐的霸权统治。
三佛齐是一个商业国家，欢迎每年一度来自中国和印度的船队到这里来做生意，有时甚至有从日本、阿拉伯和伊朗的船只到达，三佛齐最大的敌人是北方的暹罗，暹罗多次试图从北部征服三佛齐，为了与中国结盟以对抗这些敌人，三佛齐向中国皇帝进贡，但从未受中国统治。
在1025年与1026年，刚迦王国遭到古淡米尔国朱罗王朝皇帝Rajendra Chola I攻打，使得三佛齐的第一个都城哥打格兰基因而荒废，朱罗王朝的入侵减损了三佛齐的威望，三佛齐曾将其影响力施展到吉打、北大年，远至单马令。
2世纪的一首淡米尔文诗Pattinapalai，描写来自吉打的货物堆积在朱罗王朝首都的景象。
7世纪的一出梵文戏剧Kaumudhimahotsva，将吉打称为卡达哈州（Kataha-nagari），Agnipurana也提及卡达哈的领地以一座高峰为边界，学者相信这就是吉打的日莱峰，来自Katasaritasagaram的故事描写卡达哈的高贵生活，不久之后，信奉佛教的单马令王国控制了吉打。
在11世纪，单马令国王Chandrabhanu利用吉打做为攻打斯里兰卡的基地，这个事件记录在泰米尔纳德邦Nagapattinum的石碑，以及斯里兰卡的编年史《大史》。
从10世纪之后，三佛齐的势力开始减弱，三佛齐从来不是一个中央集权国家，10世纪中叶，它与爪哇的一系列战争显然削弱其商业发展，并导致国力衰敝，在11世纪，一支称为末罗瑜(Melayu)的敌对势力开始与三佛齐对抗，末罗瑜这个港口可能位于今天的印度尼西亚苏门达腊海岸的占碑省。
末罗瑜的影响力，呈现在它是马来(Malay)这个字的字源这个事实上，与此同时，伊斯兰教的普及也削弱了信印度教的三佛齐国王的势力，最早皈依伊斯兰教的地区如亚奇脱离了三佛齐的统治。
13世纪末，暹罗的素可泰王国控制了马来半岛大部分地区。
14世纪，爪哇的满者伯夷帝国控制马来半岛，成为其属地之一，但直到14世纪三佛齐依然控制着它最富饶的部分，所生产的香木、海产品、金、锡、香料、腊和果干在中国和在西方均非常畅销。
4、马六甲和伊斯兰马来亚
位于马来半岛西岸的马六甲港口，是由来自三佛齐皇室的一位王子拜里米苏拉约在1400年建立的，《马来纪年》称他是亚历山大大帝后代，敌国征服巨港，导致他和其他人逃离，拜里米苏拉特别航向淡马锡(Temasek，现在的新加坡)以逃避迫害，他受到来自北大年，由暹罗国王指派为淡马锡统治者的马来苏丹Temagi所保护，不到几天，拜里米苏拉就杀害Temagi，自立为统治者，大约五年后，由于暹罗势力进逼，他被迫离开淡马锡，在这段期间，有一支来自满者伯夷的爪哇人舰队曾攻击淡马锡。
拜里米苏拉向北前进，以建立一个新的根据地，在麻坡，拜里米苏拉考虑将他的新王国建立在Biawak Busuk或Kota Buruk，在发现麻坡的地点并不合适后，他继续往北走，据信他在沿路曾造访Sening Ujong (双溪乌荣Sungai Ujong的旧名，即现在的芙蓉市)，随后到达Bertam河(马六甲河的旧名)的河口，建立了马六甲苏丹王朝，历经时间演变，这个地方发展成今天的马六甲。
依据《马来纪年》记载，拜里米苏拉在一株“满剌加树”（Malacca tree，又名余甘子）下，看见一条猎狗将一头鼷鹿（mouse deer）逼到绝境，小鼷鹿为了自卫，将狗踢进河里，他将这个景象视为好兆头，决定在此建立一个名为马六甲(Melaka，Malacca)的王国，他建立并改善贸易设施。
马六甲建国时，中国明朝皇帝明成祖派出舰队以扩展贸易，永乐元年（1403年），明朝使者尹庆造访马六甲，拜里米苏拉遣使入贡，明成祖承认他是马六甲合法统治者的地位，封他为满剌加国王，为了交换定期的进贡，中国皇帝提供马六甲保护，以抵抗暹罗的不断威胁，随后郑和船队七下西洋时也多次在马六甲停留。
1411年，拜里米苏拉还率妻子陪臣五百四十余人与郑和入贡明朝，答谢明成祖，“学习中国文化”，在这个时代前后，在马来半岛定居的华人和印度人成为今天峇峇娘惹和Chetti社群的祖先，根据一种理论，当拜里米苏拉娶了Pasai公主之后，成为一个穆斯林，他采用当时流行的波斯衔头'Shah'（国王），自称依斯干达国王（Iskandar Shah）。
据中国史书记载，在1414年，这位马六甲第一位统治者儿子晋见明成祖，告以父亲去世的消息，拜里米苏拉的儿子随即受到承认，为马六甲第二任统治者，名为Raja Sri Rama Vikrama, Raja of Parameswara of Temasek and Melaka，他的穆斯林人民称他Sultan Sri Iskandar Zulkarnain Shah 或Sultan Megat Iskandar Shah，他从1414年到1424年统治马六甲，透过印度穆斯林以及少部分来自中国的回人所影响，伊斯兰教在15世纪变得越来越普遍。
马六甲很快就占据了过去三佛齐所统治地区，与中国建立了独立的外交关系，并控制中国通向印度的海上贸易道路。由于蒙古扩张，这时从中国通向西方陆路被阻，这条海上贸易通道就变得越来越重要，马六甲建国后数年内，正式采行伊斯兰教，其国王称号由拉者（Raja）改为苏丹（Sultan），马六甲苏丹王朝的政治势力帮助伊斯兰教传遍马来群岛，马六甲当时身为马来亚半岛最繁盛的王国，使这个信仰得以传播到邻国。
到了16世纪初，伊斯兰教成为马来人主要宗教，其势力到达现在的菲律宾，只有巴厘岛依然是一个孤立的印度教岛屿。
虽然马六甲苏丹王朝只维持一个多世纪，但它被看作是马来人自主统治的一个黄金时代，马六甲苏丹成为所有后继的马来统治者的榜样，马六甲成为马来文化的中心，它奠定了今天马来文化的基础：马来土著文化与外来的印度、华人和伊斯兰元素的融合，马六甲风格的文学、艺术、音乐、舞蹈、衣着，及其宫廷人士的华丽衔头，成为所有马来人的标准。
马六甲宫廷对马来语赋予极高声望，这个语言最初是在苏门达腊形成的，在马六甲建国时带到此地，它成为所有马来国家的官方语言，即使许多地区依然保有地方语言。
5、柔佛苏丹王朝
奥斯曼帝国阻断了欧洲与亚洲之间的陆路贸易路线，而且与印度及东南亚的贸易受到阿拉伯商人所垄断，迫使欧洲国家寻找一条通向印度的海路。
1498年葡萄牙国王若昂二世派出瓦斯科·达·伽马（Vasco da Gama），发现了绕过好望角通向印度的海路。
1511年阿方索·迪·阿不奎（Afonso de Albuquerque）带领远征舰队来到马来亚，经过一个月围攻，于同年7月1日占领了马六甲，马六甲成为葡萄牙在东方活动的核心据点。
马六甲苏丹王朝最后一位苏丹的儿子逃到马来半岛南端的民丹岛，并在那里建立了一个新的国家，柔佛苏丹王朝。马六甲的统治消失后，马来群岛分裂为众多互相争战不停的小国家，其中最重要的有亚齐、文莱、柔佛和霹雳，其它国家有万丹、日惹、吉打、雪兰莪、苏禄和登嘉楼等。
16世纪末，欧洲商人在马来亚北部发现了锡矿，透过锡的出口，霹雳变得富强起来，欧洲殖民势力继续在这个区域扩张，葡萄牙控制了对盛产香料的摩鹿加群岛的贸易，1571年西班牙占领马尼拉。
1607年，亚齐苏丹国兴起，成为马来群岛最强盛富裕的国家，在伊斯干达．穆达(Iskandar Muda)统治下，这个苏丹国控制的范围延伸到苏门达腊与马来半岛的大部分地区，他征服马来半岛的锡矿产地彭亨，并将彭亨苏丹掳往亚齐，他所向披靡的舰队在1629年攻打马六甲的战役中瓦解，依据葡萄牙史书记载，当时葡萄牙与柔佛的联军设法摧毁他的所有船舰，杀掉19000名战士，然而，亚齐的军力并未被摧毁，因为在同一年亚齐征服了吉打并把许多吉打人民迁到亚齐，这位苏丹的外甥Iskandar Thani是彭亨的王子，后来成为他的继承人，在Iskandar Thani统治期间，亚齐专注于巩固内部及宗教上的统一。
在17世纪初，荷兰建立了荷兰东印度公司（英文：Dutch East India Company，荷兰文：Vereenigde Oost-Indische Compagnie，简称VOC），一开始建立在摩鹿加群岛的贸易，他们很快就占据了爪哇岛上较弱的苏丹国，1619年建立巴达维亚为他们的首府，他们从巴达维亚扩展势力到马来群岛，与柔佛结盟来对付他们的主要敌人：马六甲的葡萄牙人和强大的亚齐苏丹国。
1641年，在数次尝试后，荷兰与柔佛的联军终于攻占马六甲，终结了葡萄牙统治，葡萄牙仅剩下葡属帝汶，在荷兰支持下，柔佛在马来亚各个苏丹国之间，获得一个松散的霸权地位，只有霹雳例外，它能够周旋于柔佛和暹罗之间，并保持其独立。
这段期间，马来亚各苏丹国的虚弱，为从其它地区人民移入这些马来故土创造了条件，从印度尼西亚东部来的布吉人海盗经常袭击马来亚海岸地区。
1699年他们刺杀了柔佛最后一位马六甲血统的苏丹，控制了柔佛，其他布吉人控制了雪兰莪，从苏门达腊来的米南加保人也迁入马来亚，最终建立了自己的国家森美兰，柔佛的覆灭在马来半岛上留下了一个权力真空，暹罗的大城王国部分填补了这个空缺，将北部的五个马来国家——吉打、吉兰丹、北大年、玻璃市和登嘉楼——变成自己的属国，柔佛覆灭也让霹雳成为马来亚苏丹国之中的领导者。
18世纪马来亚对欧洲的经济重要性快速成长，尤其英国与中国之间的茶贸易，增加了对马来亚的高质量的锡的需求，锡用在茶叶箱的内衬，具防潮作用，马来亚的胡椒在欧洲也享有盛誉，而且在吉兰丹和彭亨有金矿，锡矿和金矿及其附属工业的发展，导致了第一批外来移民涌入马来人的世界，一开始是阿拉伯人和印度人，后来则是华人，华人定居在城镇并很快掌控了经济活动，这建立了往后200年马来亚社会的典型模式：乡居的马来人逐渐受到富裕的城镇移民社群所控制，就连苏丹也无法抵挡这些城镇移民的力量。
从17世纪开始，英国商人就现身于马来亚水域，但直到18世纪中期，以英属印度为基地的英国东印度公司才开始对马来亚事务真正感兴趣，由于与中国贸易增加，它需要在马来亚地区设立基地，虽然曾使用不同岛屿为基地，但直到1786年8月，向吉打苏丹租借了槟城，英国才拥有第一个长久基地，此后英国又在槟城对岸的大陆上租借了一大片土地（称为威省）。
1795年在拿破仑战争期间，英国人唯恐荷属马六甲为法国舰队所利用，乃加以接管，到1815年才交还荷兰，英国总督斯坦福·莱佛士寻找一个替代基地。
1819年2月，他从柔佛苏丹手中获得了新加坡，1824年荷伦条约签订后，荷人同意以马六甲跟英国人交给换苏门答腊的明古连岛(Ben Coolen)，槟城和新加坡这两个基地，加上荷兰没落，造就英国支配马来亚。随着马来亚畏惧暹罗扩张，英国影响与日俱增。
19世纪，马来苏丹成为大英帝国忠实盟友。
6、英属马来亚与婆罗洲
1824年英国与荷兰签署1824年英荷条约，最终确立了英国对马来亚的霸权，同时也决定了当代马来西亚的雏形，荷兰撤出马六甲并放弃所有在马来亚的利益，而英国则承认荷兰对东印度剩余地区的利益，这个瓜分在马来亚地区划了一条人为界限，这条界线遗留至今。
1826年，英国把槟城(即槟榔屿)、马六甲、新加坡与纳闽联合组成了海峡殖民地，海峡殖民地最初由位于加尔各答的东印度公司所管理，其后槟城与新加坡先后成为这个殖民地行政中心，直到1867年，其行政权由印度总督移交给伦敦的殖民地事务大臣管理，华侨习惯称其为“叻屿岛甲”或“三州府”。
在19世纪里，英国与马来亚的其它苏丹国签署协议，在这些国家中设立代办，帮助苏丹管理其国事，这些代办很快就成为这些国家的真正统治者，对英国投资者来说，拥有锡矿的霹雳的政治稳定是最重要的，因此霹雳成为第一个与英国签署协议同意英国管理的苏丹国，柔佛是最顽强的苏丹国，一直到1914年才放弃其独立性。
1909年2月，势力减弱的暹罗同意将吉打、吉兰丹、玻璃市和登嘉楼让给英国（暹罗保留了对北大年苏丹国控制，今天泰国南部依然有一小支穆斯林少数民族，其独立运动为泰国政府带来不少麻烦），柔佛苏丹苏丹阿布·巴卡尔与维多利亚女王熟识，因此承认彼此是对等地位，直到1914年，苏丹阿布·巴卡尔的继承人苏丹Ibrahim才接纳一位英国代办，先前属于泰国的四个州以及柔佛合称马来属邦。
19世纪后半部，英国还获得了对荷兰从未立足的婆罗洲北岸的控制，这个地区东部（今天的沙巴）则由受西班牙属菲律宾控制的苏禄苏丹的名义统治，其余部分则是文莱苏丹统治地。
1841年，英国探险家詹姆士·布鲁克从文莱苏丹手中租借了古晋，并称自己为砂拉越的“白色拉者”，此后他不断从文莱手上取得领土，婆罗洲东北部被英国商人殖民。
1881年，英国北婆罗洲公司被允许控制这块地区，受新加坡总督监督，西属菲律宾从未承认苏禄苏丹对这些领土的丧失，这是后来菲律宾宣称拥有沙巴主权的理由，1888年文莱成为英国保护国，1891年英国再与荷兰签订条约，确定两国在婆罗洲的边界。
1910年英国对马来群岛领土的统治模式成形，海峡殖民地成为英国海外领地，由受伦敦的殖民地事务大臣监督的总督管理，这个领地的居民半数是华人，但所有的代办（参政司），不论种族为何，均是英国公民，最早接受英国参政司的四个苏丹国，霹雳、雪兰莪、森美兰和彭亨组成了马来联邦，名义上它们依然独立，但是从1895年开始受一个英国“总参政司”管理，实际上已成为英国殖民地。
马来属邦(柔佛、吉打、吉兰丹、玻璃市和登嘉楼)各国享有较大独立性，不过它们也无法阻挡英国代办意愿，英国最紧密的马来盟国柔佛拥有自己的宪法特权，规定苏丹有任命内阁的权利，不过实际上每次苏丹必须先与英国讨论他的任命。
7、日本统治时期和紧急状态
1941年12月太平洋战争爆发，在马来亚的英国人可说是完全措手不及，在1930年代，英国为了对付逐渐增强的日本海军威胁，在新加坡建立了一个庞大的海军基地，但完全没有料想到日本是从北方入侵马来亚，由于欧洲战场的需要，英国在远东实际上没有空军战力，因此日本可从法属印度支那的基地发动攻击，而不会受到抵抗，虽然英国、澳大利亚和印度军队的顽强抵抗，但日本在两个月内就占据了马来亚。
日本人将马来人看作是一群从英国殖民统治被解放的殖民人群，并且树立了有限的马来民族主义，这使得日本人在马来管理机构和知识分子中赢得一定程度的支持，大多数苏丹也主动与日本人合作，虽然日本后来战败，日本为了配合大东亚共荣圈的政策，答应战后让马来亚独立，并且协助训练马来人成立武装部队与政府部门菁英。
因此总的来说，1945年英国人回到马来亚时，最高兴就属马来人，但时局并未如停留在英国人战前情况，而且一股追求独立的渴望正在增长，英国本土破产，新的英国工党政府主张尽快撤出东方，殖民地自治和最终独立成为英国新政策，横扫亚洲各地的殖民地民族主义浪潮很快到了马来亚，但当时大多数马来人更关心抵抗主要由华人组成的马来亚共产党，而不是从英国独立，事实上他们希望英国不要撤出马来亚，而是协助他们对抗马来亚共产党，当时马来亚最大的武装力量。
在二战最后一年，马来亚共产党与马来人为首的部队发生冲突，许多马来人遭到装备精良的华人共产党人所杀害，战后回到马来亚的英国人，发现这个地方处于内战边缘，马共原是合法政党，并在二战当中做出了很大的贡献，英人回马后，因担心共产党势力的扩大，最终将马共列为非法政党，马共在发现和平的争取方式无效后，决定改以武力斗争争取。
与此同时，共产党则在积极准备暴动，1945年12月抗日游击队解散，马来亚共产党成为一个合法政党，但游击队武器却被谨慎收藏起来，以备未来之用，马共的政策是立刻独立，并且所有民族平等，这意味着它极难招募到马来人党员，主要支持者来自华人主导的商会，尤其在新加坡；以及华人学校，其中的教师大多来自中国，将中国共产党看作中华民族重生的领导者。
1947年3月，随着冷战的开始和共产国际的左倾，马来亚共产党的总书记莱特被杀，原游击队首领陈平任总书记，陈平要求共产党立刻行动，共产党发动游击队行动，期望迫使英国势力撤离马来亚，7月，在一连串庄园主遭到暗杀后，英国殖民政府展开反击，宣布进入紧急状态，马来亚共产党被禁，数百战士被捕，共产党退入森林，组织了马来亚人民解放军，这支军队约有13,000名男性，其中第十支队主要由马来人组成。
这段被称为马来亚紧急状态从1948年延续到1960年，残酷战斗蔓延整个马来半岛，英国战略相当有效，通过对华人做出经济和政治的让步，并将散居乡间的华人集中到位于马共势力范围外的“白区”的“新村”，有效动员马来人来对抗马来亚共产党，也是英国一个重要策略，从1949年起，马共失去抗争动机，招募游击队人数锐减。
8、马来西亚的成立
华人反对马共，呈现于1949年2月筹组的马华公会(Malayan Chinese Association，MCA)，它成为调节华人政治意见的渠道，其领导人陈祯禄愿意与巫统合作，建立一个所有公民平等的独立的马来亚，但同时在马来人敏感议题上做出充分让步，来平息马来民族主义者的恐惧。
1951年吉打王子东古阿卜杜勒·拉赫曼继奥恩·加法尔之后，担任巫统领导人，陈祯禄与东古阿卜杜勒·拉赫曼密切合作，由于1949年英国人宣布无论马来人愿意与否，马来亚将在数年内获得独立，两位领导人必须下定决心来提出在两个社群均可接受的一个协议，成为一个稳定的独立国家的基础，这个巫统-华人公会联盟（后来印度人国大党于1955年也加入了这个联盟）在1952年和1955年的大选中，在马来人和华人地区均获胜。
民选地方政府制度的引进，是战胜共产党的另一个重要步骤，1953年斯大林去世后，在马共领导层对于是否继续武装斗争发生了分歧，许多马共游击队员丧失对武装斗争的信心并重返家园，而且在1954年邓普勒离开马来亚时，紧急状态已经结束，即使陈平依然带领一群顽固的游击队员继续在难以进入的泰国边境乡区坚持了许多年，紧急状态留下了马来人与华人之间长期延续的仇恨。
马来亚独立后，这个区域还有其它英国领地的前途悬而未决，日本投降后，布鲁克家族和英国北婆罗洲公司分别放弃了对砂拉越和沙巴的控制，这些地区成为英国皇家殖民地。相较于马来亚，这些地区的经济发展落后得多，当地的政治领袖过于软弱，而未寻求独立，而且这些地区与马来亚的文化区别也相当大，以华人占多数的新加坡于1955年获得自主权，1959年当时年轻的社会主义运动领导人李光耀成为新加坡首席部长，盛产石油的文莱苏丹国依然是英国附属，1959年与1962年之间，英国政府召集了多次复杂的谈判，在这些当地领导人与马来亚政府之间进行协商。
1961年东古阿卜杜勒·拉赫曼赞成建立“马来西亚”的构想，马来西亚将包括曾是英国海外领地的文莱、马来亚、沙巴、砂拉越和新加坡，其背后的理由则是容许中央政府控制并打击共产党（尤其是在新加坡）的活动，此外马来亚也惧怕新加坡一旦独立，将会成为华人沙文主义者的基地，威胁马来人的统治权，为了平衡种族比例，在文莱、沙巴与砂拉越纳入这个新国家之后，它们的马来人及土著人口，将可抵消新加坡的华人多数。
虽然新加坡首席部长李光耀支持这个建议，但他在新加坡社会主义阵线的党内反对者反对这个计划，认为这是英国打算继续控制这个区域的计谋，砂拉越大多数政党也反对这个计划，沙巴没有政党，但是当地社团代表也表示反对，文莱苏丹支持这个计划，但是文莱人民党反对，在1961年的英联邦首席部长联合会议(Commonwealth Prime Ministers Conference)，东古阿卜杜勒·拉赫曼向他的反对者进一步阐述这个计划，10月，英国政府批准这个计划，条件是必须取得参与这项合并计划的地区同意，葛波(Lord Cobbold)率领葛波委员会前往婆罗洲研究当地居民意见，认为沙巴和砂拉越同意合并，但在文莱则有许多人反对，在新加坡的公民投票中70%的人赞成合并，条件是新加坡政府获得实质的自主权，文莱苏丹退出这项参组马来西亚的计划，这是由于来自多数人民的反对、关于石油利润分配比例的争执，以及关于合并后苏丹的地位等等因素，此外，文莱的人民党发动武装革命，虽然立刻遭到敉平，但被视为这个新国家潜在的不稳定因素。
英国政府讨论葛波委员会的报告后，又设立Landsdowne委员会来起草马来西亚宪法的草稿，最后出炉的新宪法草案与1957年的马来亚宪法基本上相同，只做了少部分修改，例如，原先对于马来人特殊地位的认定，扩及到砂拉越与沙巴的所有土著，新加坡、砂拉越与沙巴这三个新加入的国，也被赋予某些自主权，这是原先的九个马来亚州署所没有的，因为新加坡、砂拉越与沙巴是以国的地位与马来亚联邦共同组成马来西亚联邦。