然而，玻利瓦尔在南美洲领导的独立运动没能为南美各国指明一条稳健的发展道路。在驱逐西班牙殖民势力后，玻利瓦尔并没有在南美洲重建稳定的秩序，军人政变时有发生。独立运动中追随玻利瓦尔的军人们对政权的控制，是南美洲“考迪罗主义”（即军阀、大地主和教会三位一体的独裁制度）的源头之一。
南美各国驱逐西班牙殖民势力之后，在经济上未能取得真正独立自主的地位。由于经济上的虚弱，英、法、美等国先后在南美进行渗透。因为南美各国原先的经济并不发达，在摆脱西班牙的殖民统治后，南美各国的商品出口欧洲不再享有原先西班牙的税收优惠政策，经济遭到了严重挫折。英、美、法等国开始加强对南美洲的影响力，扩张经济利益，使得南美洲成为了他们的商品倾销市场和原料产地。
玻利瓦尔领导的南美洲独立运动基于以下三个方面的历史背景。
拿破仑对西班牙发动的半岛战争
1808年，拿破仑入侵西班牙，西班牙国王被逼退位，拿破仑让自己的哥哥当西班牙国王。为了反抗拿破仑，西班牙自此陷入战争泥潭将近六年之久，国力急剧衰落。所以在面对玻利瓦尔领导的南美洲独立运动时，西班牙国内自顾不暇，对远在千里之外的殖民地无法投入足够的兵力和资源。
智利的启蒙思想家莱马切斯引用卢梭的理论，指出每个人生来就是平等的，人民自由地签订契约之后才能组织政府；殖民政府的统治是宗主国（西班牙）强加在南美人民身上的，理应推翻。玻利瓦尔青年时期研读过约翰·洛克、卢梭、伏尔泰和孟德斯鸠等人的著作，也接受了启蒙思想的洗礼。
第三，南美洲经济的发展使得南美人民想要摆脱宗主国对殖民地的经济束缚。从西班牙在南美洲开展殖民活动以来，采矿业、种植业等产业开始迅速发展。到了十八世纪，手工业和畜牧业也获得了长足的发展。但这时候的南美经济出现了一个新的趋势，那就是南美各地区的经济联系日益紧密，南美经济也越来依赖于世界市场。
玻利瓦尔是西班牙后裔，在南美洲具有较高的社会地位，家里有包括金矿、种植园、糖厂在内的多个产业。他本人就是要求自由贸易的商人代表。
英国经济学家、《国富论》作者亚当・斯密
玻利瓦尔领导南美洲独立分为以下三个阶段。
第一阶段，从1810年到1817年。在此期间，玻利瓦尔在多次军事行动中逐渐成长为一名合格的军事统帅，领导委内瑞拉成功独立。
但不幸的是登陆后遇到敌人有准备的阻击，不久即被殖民军打败。玻利瓦尔在海地重新组织军队再次打回委内瑞拉。第二次登陆时，玻利瓦尔不再首先攻打沿海城市，而是避实就虚，迂回包抄。
登陆后，玻利瓦尔进军委内瑞拉东部，于1817年4月攻占东部腹地重要城市安哥斯杜拉(即今日玻利瓦尔城)，重建了委内瑞拉共和国(即第三共和国)。
1810年“四月十九日革命”，该起义拉开了委内瑞拉独立战争的序幕
第二阶段，从1819年到1822年。在这个阶段，玻利瓦尔以委内瑞拉为基地，解放了包括厄瓜多尔在内的广大地区，建立了“大哥伦比亚共和国”。
为了壮大起义军的队伍，玻利瓦尔不仅颁布了废除奴隶制的法令，还宣布没收西班牙王室和一切反动分子的土地分配给起义的士兵。许多黑人、印第安人和混血人种开始转向玻利瓦尔。
第三阶段，从1822年到1826年。在这个阶段，玻利瓦尔和南美洲独立运动的另一位领袖圣马丁会面，在圣马丁引退后继续与西班牙殖民者作战，将西班牙殖民势力完全逐出了南美洲。
尽管殖民军占据了有利地形，居高临下，还有人数上的优势。但苏克雷采取了诱敌出击、分割包围、各个歼灭的战略方针，全歼了敌军。
玻利瓦尔和圣马丁会面
阿亚库乔决战过后，西班牙在秘鲁的总督还有一百多名高级军事将领和两千多名士兵全部向玻利瓦尔投降。玻利瓦尔还获得了殖民军在秘鲁的弹药库、兵工厂和仓库。阿亚库乔之战为南美洲独立战争的胜利奠定了坚实的基础。
1826年1月，在玻利瓦尔军队的包围下，秘鲁卡亚奥港的西班牙殖民军残余势力投降。西班牙在南美洲最后一个据点被拔除。至此，西班牙在南美洲大陆长达三百多年的殖民统治宣告结束。被西班牙压迫的南美人民经过十六年艰苦卓绝的斗争最终赢得了胜利。
尽管玻利瓦尔后来因无法弥合南美各国严重的政治分歧，不得不退出政坛，但南美洲独立运动的胜利成果保留了下来。后来西班牙想要再次入侵南美洲、试图重建殖民统治时，也以失败告终。