二十日，宜昌阿原任刑部侍郎，金俊曾任广东巡抚。二人同谋舞弊，侵吞兵饷及原平南王尚之信应抄没入官的财产，复接受尚之信属下商人沈上达的贿赂，畏惧告发，遂杀人灭口。宜昌阿等合计贪污白银八十九万两。刑部侍郎禅塔海奉命审理此案，他妄奏沈上达属自缢而死，表示如其系别情致死，愿受死罪。康熙帝谕：禅塔海若不惩治，则宜昌阿等贪官无所畏惧。命将禅塔海拘禁，与宜昌阿、金俊等人一并严加议处。
三月
初二日，减捐纳人员选授知县缺。先是，吏部定例：知县出有十缺，其中推升为二缺；大选为八缺——进士、举人、贡监选授三缺，捐纳人员选授五缺。命增加进士选授员缺，减少捐纳人员选授员缺，即大选八缺中，进士选授二缺，举人、贡监选授三缺，捐纳人员选授三缺。
初六日，以郑氏降将刘国轩为天津总兵官。
初七日，康熙帝根据九卿遵旨议定的清查法，又作了补充修改，规定：一，奏销驳察，仍按现行例实行。二，各省驻防官兵，先尽本省所收粮草支给。如有不敷，照时价给发。有浮冒者，将该管官并该省督抚照例处分。三，以前办理军需浮冒者，由督抚清查明白，限一年内追完。四，各省兵马钱粮数目，由该省将军、督抚、提督等官印领结状，按季送部，以便查实，如有不符，照蒙混例处分。五、直隶等各省奏销钱粮，凡有驳查者，俱令具题完结，不得以咨文塞责。
初十日，京师正阳门外大火，民居受灾严重。康熙帝亲登正阳门城楼，指挥救火。他先命内大臣、侍卫前去扑灭，后又数次派人巡视。发现该城及司坊巡捕营等官，并无一人在场，更无救火者，而都察院左都御史科尔坤等朝廷重臣侍火势熄灭后方返回各自府中，于是在第二天，康熙帝对有关官员平日不加预防，遇灾又不急救的失职行为进行了严厉的斥责。
四月
十四日，台湾设一府三县等。先是施琅疏奏：“台湾地数千里，人民数十万，弃之必为外国所据，请设镇守官弁。”康熙帝拒绝李光地等于台湾“迁其人、弃其地”之议，采纳施琅奏议，命在台湾设一府三县，即台湾府(府治设今台南市)，台湾、凤山(今高雄)和诸罗(今嘉义)三县。并设巡道一员、总兵一员、副将二员，兵八千、分为水陆八营。设澎湖副将一员，兵二千、分为二营。寻允浙、闽、粤沿海援山东例，百姓装载五百石以下船只，准往海上贸易、捕鱼，并登记姓名，取具保结，船头烙号，发给印票。
廿三日，翰林院掌院学士牛钮等人进呈已刻成《日讲易经解义》。康熙帝称“易经阐发天人理数，道统攸开。”“深有裨于典学”。命立即颁行全国。
五月
初四日，清廷始修《大清会典》。康熙帝命大学士勒德洪、明珠、李霨、王熙、吴正治为总裁官，内阁学士麻尔图、阿哈达、金汝祥、王鸿绪、汤斌为副总裁官，并强调“务使文质适中，事理咸备，行诸今而无弊，传诸后而可征，悉心考订，克成一代之典。”同时，用以昭示臣民。
十七日，推举清廉官员，九卿詹事科道遵旨举出清廉各官：直隶巡抚格尔古德，吏部郎中苏赫、范承勋，江南学道赵岑，扬州府知府崔华，兖州府知府张鹏翮，灵寿县知县陆陇其等。
十八日，议政王大臣等遵旨议定宜昌阿等人罪，康熙帝严谕：外出大臣和各部院私作弊端，均起自笔帖式，情罪可恶，一并严惩。于是，宜昌阿、金俊郎中宋俄托、员外郎卓尔图、笔帖式伊色硕多礼及尚之璋等人处以斩监候，道员王永祚处绞监候，禅塔海革职。案内应追缴银两，交与户部，供拨充兵饷用。
十九日，再申严禁圈拨田地。先是民间田地，已永停圈占。再命部存地亩分拨时，严禁借端圈占民地，或以劣地换良田。 准马喇等疏奏。先是马喇等往索伦，询察得知雅克萨、尼布楚俄军，赖在二城附近筑室散居、耕种自给，并取资喀尔喀巴尔虎人等贸易、贡赋，得以盘踞多年。臣请敕喀尔喀车臣汗，收其所部附近尼布潮者，兼禁止交易；再请敕黑龙江将军，水陆并进，作攻取雅克萨状，因取其田禾，则罗刹不久自困，量遣轻骑剿灭似易。”从之。
六月
初五日，康熙帝以海洋贸易，对民生实为有益，但收税如不定例，恐为商民所累，决定凡属海洋贸易，设专门官员收税，并酌定则例。此后，清廷在澳门、漳州、宁波和江南的台山设立海关，以为粤海、闽海、浙海和江海等四海贸易，并设官收税。
十三日，许琉球国中山王尚贞请，送官生来国子监读书。
二十日，暹罗国遣使入贡，并准在粤省登岸贸易。
九月
初三日，更定钱法。先是每钱一串值银一两，但银一两仅买铜七斤，而毁钱一串得铜八斤十二两，多毁钱卖铜，以是钱价昂贵。命更铸新钱，减重四分之一；毁钱为铜，因无厚利，毁钱之弊自绝。并命产铅、铜地方，停其收税，任民开采，产铜日多，铜价自平。
廿八日，康熙帝开始首次南巡。行前，谕称本次南巡，正欲体察民情，详知吏治。一应沿途所用已令在京所司储备，毫不取之民间。凡经过地方，百姓自当各安其业，毋得迁徙远避，反滋扰累。如哪个官员敢于悖旨私征，一经发觉，定从重治罪。车离京城，沿永定河经顺天府、河间府，到山东德州。
十月
初八日，康熙帝至济南府，观趵突泉。
初十日，康熙帝登泰山顶。
十一日，康熙帝祀泰山神，命以本年泰山香税，修缮泰山顶上庙宇。
十五日，康熙帝到达沂州大石桥，谕大学士等：今日奏章一到，立即呈进，不限时间。是夜四鼓，本章到，康熙帝随即起而详阅，直到天明。
十九日，自徐州府宿迁启程，谕侍卫等：“有天下者唯贵以德化民，使之无讼。”驻桃源县，康熙帝亲自视察黄河北岸各项险要工程，又谕河道总督靳辅说：每在宫中，向来留心河务，并详细阅览、时加探讨尔防诸书及历年所进河图等，但毕竟未见险情实况。今详勘地势，如肖家渡等七处地区，实甚为危险，所筑长堤与逼水坝须随时保护。命靳辅详加筹划，采取有力措施，使黄河顺势东下，水行刷沙，永无壅决。康熙帝见河工劳苦，亲加抚慰，命严禁克扣河工食粮。肯定靳辅治河之功。
廿二日，在高邮等处，见百姓田庐多在水中，遂步行十余里视察水患，召见当地生员耆老，详询水灾原由，命总督王新命安排拯救事宜。
廿四日，渡扬子江，因所乘船系当年战舰，有感于“安当思危，治不忘乱”。
廿五日，命直隶、山东、江南、浙江、福建、广东各省，先定海禁处分之例，尽行停止；若有违禁将硝黄、军器等物，私载出洋贸易者，仍照例处分。
廿六日，行至苏州府，强调“去奢反朴，事事务本，庶几家给人足。”
廿七日，夜坐舟中，与侍臣高士奇探讨古今兴亡。
十一月
初二日，在南京谒明太祖陵，亲写祝文，遣官往祭。过明故宫，怅然良久，作《过金陵论》，其中写道：万历以后，政事渐废，宦官朋党交相构陷，赋敛日重而民心涣散，致使明代未到三百年而亡。总结兴亡之鉴，应兢兢业业，日加儆惕！
初四日，嘉奖廉洁自励的江宁知府于成龙，谕总督王新命等：“尔等大小有司，当洁己爱民，奉公守法。”康熙帝于舟中读书又至夜半，侍讲高士奇劝请节劳。康熙帝说：“实觉义理悦心，故乐此不疲。”
初六日，舟泊江都县，谕以解决高邮等地民间田庐被淹水患，必须将入海故道浚治疏通。务期济民除患，纵用经费，在所不惜！
初十日，经清河县天妃闸，复登岸视察高家堰堤工，分析了它与洪泽湖等对治黄的重要作用，必须年年防护，不可轻视。
十八日，到曲阜孔子庙，在大成殿行三跪九叩礼，亲书“万世师表”，免曲阜县明年地丁钱粮。
十二月
初九日，康熙帝由京师正阳门回宫。首次南巡共用六十天。康熙帝时年三十岁。
十二日，命都统公瓦山往黑龙江，与萨布素详议攻取雅克萨事宜。
十三日，授郑克塽公衔，刘国轩、冯锡范伯衔，俱隶上三旗，并拨给房田。其文武官员二千余人、兵四万余人，或回籍、受职，或入伍、归农，各听其便，先已安排。
十七日，命于成龙经理海口。先是遣官往视黄河海口，谕曰：“朕车驾南巡，省民疾苦，路经高邮、宝应等处，见民间庐舍田畴，被水淹没，朕心甚为轸念，询问其故，具悉梗概。高、宝等处，湖水下流，原有海口，以年久沙淤，遂至壅塞。今将入海故道浚治疏通，可免水患。”因命其逐一详勘，于旬日内覆奏。寻议奏，应差官专任海口及下河事务。命安徽按察使于成龙经理黄河海口及下河，一切事宜申详靳辅具题。
是岁
分巡台厦兵备道高拱乾编纂《台湾府志》。 沈荃逝世。沈荃，华亭（今松江属上海市）人。顺治九年探花，官礼部侍郎，谥文恪。学行醇洁，书法尤有名。圣祖尝召入内殿赐坐，论古今书法。凡制碑版及殿廷屏障、御座箴铭，辄命荃书之。或自作大书，命题其后。每侍圣祖书，下笔即指其弊，兼析其由，圣祖深嘉其忠益。所赐御书、凤管、貂裘、文绮、茗馔之属，至不可胜纪。其以是名动天下，与赵孟頫、董其昌相埒。书虽学董而无其气韵。后其子宗敬，以编修入直，命作大小行、楷，犹忆及前事。使内侍传谕安溪李公曰：联初学书，宗敬之父荃实侍， 屡指陈得失，至今每作书，未尝不思荃之动也。卒年六十一。著南帆咏、充斋集。