1960年大选，肯尼迪总统上任，防长迈克尔罗伊下台了，跟着一起走人的还有DARPA的创始人约克。接任的国防部长是麦克纳马拉——与迈克尔罗伊的出身几乎一样，麦克纳马拉原来是福特公司的副总裁，毕业于哈佛商学院。总统的新内阁也几乎都是清一色的哈佛大学出身——显然，新总统喜欢的是年轻、高智和敏捷。
ARPA的二把手戈德尔非常聪明，立刻着手为新总统的越南战争提供新的政策建议，并且提议建立“敏捷小组”，来应对战场上的技术支持需求。
这个敏捷小组的主要目标是针对越南战场研究新式武器。研发涉及到了AR-15半自动步枪、树冠动力滑翔机和酒精动力沼泽艇。其中AR-15后来就成了M16步枪，动力滑翔机就是后来的无人机。
1961年，戈德尔与陆军生化部门专家合作，还有著名的孟山都公司参与，开启了一项臭名昭著的计划——落叶剂的研发。
落叶剂主要起两个作用，一是让越南丛林高大树木落叶死亡，使越共失去掩护；二是让水稻作物死亡，使越共失去粮食。这一化学毒剂后来被称为橙剂，一直到2012年，相关数据才被解密——越南有200多万平民受到了毒剂的影响致残。
同时，此前戈德尔擅长的心理战，也在越南战场上得到了拓展——他获得了来自兰德公司普林斯顿大学非传统战争学博士坦纳姆的支持，对越南人的性格特点和行事风格进行了社会学研究，得出了一系列有关宣传、激励、劝服方面的策略建议。
这些研究把意识形态作战也纳入到了战争范畴。这项研究计划，让DARPA和兰德公司把人类学家也纳入到了研究团队中。
这些人类学家在对越南村落进行了详尽田野调查和研究之后，得出了一个悲观的结论，认为美军要在南越立足并获取当地人的拥护，难度很大，大部可能不会成功。
因为这项调查不符合当局的战略要求和导向，只好被束之高阁。
4.网络。
1962年10月，ARPA的另一个有关核武器控制系统的研究项目启动，邀请了一名47岁的沉默寡言的专家——J.C.R.克利里德。这个项目的目标是要对国防部军事指挥系统进行升级改造，尤其是要加强总统及内阁文官对系统的控制力。
克利里德的专业是心理学，细分方向是心理声学，主要研究在高速飞行下压力和噪声对飞行员判断力的影响。
战后，克利里德在麻省理工进修时，意外地发现计算机这个好东东——当时麻省理工的林肯实验室正在研究“半自动地面防空系统”，其实就是利用计算机来控制雷达信息，接受雷达信息之后完成分析，然后解析数据，对导弹防御系统发出正确的指令。
克利里德对这个系统不感兴趣，他感兴趣的是人和计算机的交互过程，这是一个新模式，可能会应用到非常大的领域里去。
他写了一本有关人机交互的书，在书中设想了一个未来的图书馆，大家可以通过计算机，联系到这个图书馆，通过专用数据库来调用和使用图书馆的资源。
这在上世纪六十年代算得上绝对的革命性想法。当然就引起了ARPA的注意——他们就是要到处搜罗有创意想法的科学家。
克利里德应聘到了ARPA来主持防务系统升级的工作，首先就想到了大量使用计算机，而且要建立一个平台，把这些计算机像网络一样联系在一起，这样平台就可以把多个系统中的数据进行调集和协调，比如雷达、卫星、气象、情报等各类信息。
克利里德正是深入研究了此前古巴导弹危机，由于各类信息分散在各个环节，导致的一系列误判的案例，才想到，必须要有一个网络来综合所有信息。
这就是国防部著名的阿帕网的原型——克利里德的这个想法，后来被全球40亿人采纳。
5.贾松科学家加入越战
到1964年，贾松科学家团队已经为ARPA进行了《磁流体力学中的程函数方法》、《波干涉仪技术的雷达分析》、《论救火软管不稳定性弥散关系》等著名的研究，全部围绕国防的核战争战略防御问题进行。
团队中的首脑人物之一是莫里·格尔曼，他在1969年因发现夸克获得了诺贝尔物理学奖，同时他还是人类学专家，专事远古神话、史前史人类语言演化等方面的研究——为啥他们的科学家都能人文和自然并重？
格尔曼对越战的研究侧重人类行为学方面，针对如何识别叛变分子，以及如何做叛乱分子的思想工作开展研究——谁说美国人不重视思想政治教育？他们用于从事思想政治教育研究的专家都是诺奖级别的。
他的主要助手是政治学者伯纳德·福尔，两人先后八次深入到越战前线，对南越农民、南越士兵和北越农民及北越共产党战俘都进行了详细调研，形成了《内部工作报告》，即对越南人的品性、行为特征进行了人类学、心理学的全面分析定位。
这可能是历史上第一份对战争中人类行为进行研究的专业报告。
团队中的另一名首脑任务是戈登·麦克唐纳，与格尔曼的方向不一样，麦克唐纳走的是纯技术路线，抛开了所有有关人的因素。
戈登·麦克唐纳是典型的贫苦出身的天才——只要你足够出类拔萃，美国总有办法把你搞过去——他本是墨西哥一个患小儿麻痹症的乡下男孩，就因为可以过目不忘，且智力超常，很快就从墨西哥一所教会高中，拿奖学金进入了哈佛。
到哈佛第一年，他选择的是地理和气象，第一年就写了“高海拔喷流的季节变化”论文。1950年他因为成绩出色被选拔进入了富具传奇色彩的哈佛学会！
哈佛学会每年只招收24名学员，来自世界各地，学会出资，在未来的三年，这24个人可以干他们想干的事——上世纪五十年代他们就有了我们今天还在作为前沿教育学课题研究的机制。
麦克唐纳做研究的特点，就是可以发现一切人们认为不相关领域之间的联系——比如他认为古生物学和天文学就是一码事，发现岩石矿物学和科学政策制定之间的关系。
1963年，他成为了美国人工影响天气和气候委员会主席——研究控制天气——联想一下科幻片里的气候武器、环境武器。
麦克唐纳对越战的研究项目，就是制造“林火”，以大火烧毁掩护越共的森林。之所以会成为需要研究的项目，是因为越南潮湿不可控的天气因素，使得林火很难成势。麦克唐纳的研究目标就是控制局部天气，然后通过特定方式引燃林火，局部局部地烧毁浓密的森林和灌木。
研究的目标是邪恶的，但研究的过程能获得的新技术和手段，如局部天气控制、林火控制则成为ARPA的众多储备技术之一。
麦克唐纳另一项研究工作，就是当代著名的“电子隔墙”系统。使用“电子隔墙”的理念，最初是由一名战地指挥官提出来的，针对的是越共利用越南复杂地形打造“胡志明小径”来实现物资运输。
胡志明小径非常隐蔽，对于想切断越共物资供应的美军而言，着实痛苦。于是美军就想到是否可以利用大量到森林中散布小型隐蔽的传感器，构造出一道“电子屏障”，然后通过信号数据分析，找到胡志明小径，定向摧毁之。
1967年还没有激光制导等手段，贾松科学家们就利用分布式投放传感器的方式，一个局部有数百个传感器，连接到一个中继器，由中继器向接收端发送放大的信号。
麦克唐纳还利用了当时刚刚摆上台面的计算机系统，运用计算机连接信号接收系统，进行自动分析，得出具体哪个位置越共出没的频率较高，以供战术决策。
显然，“电子屏障”对于越战的实际后果没有什么效果，但这是人类历史上首次提出了“系统的系统”概念，而且也是首次提出了“无人值守或控制的传感器自动收集情报并自动作出判断”的概念。
可见，从越战开始，美国就已经系统地着手把每一次战争作为一次基础型科技手段和产品的试验场，实际战场是一种高强度、高频度的检验场所，比之实验室和日常实验可要强悍太多。
6.反战中的ARPA
随着六十年代末反战运动的兴起，美国政府开始把ARPA研发用于越南战场的一些“非致命武器”应用到国内警察体系，这就是后来各国屡见不鲜的——催泪瓦斯、发疱瓦斯、闪光弹、水炮、毒针和噪音武器等。
1968年，伊利诺伊大学与ARPA签署了一项合作，由ARPA签约计算科学家斯洛特尼克领衔开发伊利亚克4号计算机。计算机主要用于导弹防御系统的弹道分析和天气控制系统中的气流运算。斯洛特尼克的目标是要使伊利亚克4号运算速度可以达到每秒10亿次，成为首台256位计算机。
由于这个项目的神秘性，引发了当时反战人士，尤其是伊利诺伊大学学生的反感，他们认为这是军方的一台用于核战争的计算机，于是兴起了一场时间长、范围广的反伊利亚克4号研制工作的学潮。
学潮从1969年一直持续到了1970年，以至于到最后校方对军方提出要求，已无法保证伊利亚克4号的安全，赶紧迁址。
在反战浪潮的影响下，1970年，美国国会众议院决定收紧对国防部的授权，无奈之下，国防部只能将ARPA降级，并且收回了原来不受限制的预算。此时ARPA的局长已经是第三任哈特·李希廷，他是一名通信工程科学家，此时可谓力挺危局。
反战浪潮还席卷到了贾松科学家团体，由于越战方面的情报不断被解密并被披露，贾松科学家团队参与战争的事情逐渐被美国公众得知，引发了更大的反对声浪。
1972年12月，3名诺奖得主发表公开谴责贾松科学家团队的信件，这下让贾松科学家团队也变得臭名昭著。
1973年，ARPA再次易主，新任负责人史蒂芬·卢卡西科干脆决定把贾松科学家团队从DARPA中分割出去。贾松科学家团队的负责人戈德伯格也没有做多少反抗，连同伊利亚克4号计算机一起，迁移到了加州的国防分析研究所。
这其实是一个新的开始——反战浪潮引发了美国的政治改革——从冷战最激烈阶段的集权，重新走向分权，走向民主。
二、新的开始
1973年美国从越南全面撤军。按照国会要求，国防部的主要任务必须转向防御而非侵略。于是，ARPA加上了防御Defence，成了DARPA。
卢卡西科明白，要继续生存下去，就必须做出整个机制上的改变，彻底从一个政府研究机构，转变为一个可以自我维持的经营机构。DARPA也正式成为国防部军事技术承包商之一，只不过是链条上的顶端——设计和开发端。
实际上，DARPA转向自主经营也不是很难——它只需要国防部承认它在越战中开发出来的一系列产品的产权即可，接下来就是继续把这些在越战中尚未发展作用的产品成熟化。
他们把在越战期间发明的阿吉尔树冠滑翔机改进之后，交付给洛克希德公司，由洛克希德公司改装为QT-2静音飞机，再配备上DARPA开发的传感器，成了美军第一代间谍飞行器。
1974年，DARPA又在QT-2的基础上开发新一代隐形飞机，继续与洛克希德合作，DARPA负责设计，洛克希德负责制造，在1977年推出了著名的F-117隐形战机，被命名为“绝望钻石”。
F-117项目标志着DARPA从国防部分离出来之后，转型自主经营的成功。
第二个项目是卢卡西科的专长——通信工程。他把此前那个神奇的克利里德提出的星形网络理念付诸设计实践，依托DARPA拥有的当时世界上最先进的计算机伊利亚克4号，建立与其他计算机的通信联络。这个项目他委托给了DARPA他亲自建立的C2实验室的科学家苏泽兰和泰勒两人。
重要的问题是找到可以联网的计算机——泰勒好容易才找到了四所大学——斯坦福研究院、加利福尼亚大学、犹他大学和加利福尼亚大学圣巴巴拉学院，这四所大学提供了四台计算机。接着苏泽兰又找到了国防部的几个机构，一共凑到了24个节点。
连接工作的负责人是一名叫罗伯特·卡恩的电气工程师，他把这个通信联络叫做“internet work”互联网工作，这个名字就这么出来了。
由于节点还在不断增加，卡恩就想到需要专门设计一种通用协议，方便新节点和旧节点之间的通信。于是他又找了DARPA里另一个程序管理员温特·瑟夫一起，设计出了TCP和IP。由是，国防部的阿帕网得以建立，1975年正式移交国防部使用，1982年，第一封电子邮件发出。
克利里德当年的天马行空成了现实。至今，阿帕网是DARPA最成功也最著名的项目之一。
1977年，卡特总统任命了核物理学家哈罗德·布朗担任国防部长，这是美国第一位科学家防长。布朗当然青睐以技术起家的DARPA，于是在反战浪潮下低调了四年多的DARPA又迎来了一次大发展期。
1978年，DARPA从空军借调了颇有想法的上尉飞行员杰克·索普，这个索普同时还是心理学博士！
他是在一次飞行模拟训练时冒出了一个想法——三维高保真飞行模拟器，建立一个三维全息沙盘，在指挥官、飞行员之间创建出一个全真实的虚拟世界。这个想法，与DARPA的实时战术预演系统的构想巧合到了一起，于是DARPA把他找来，实现他的想法。
与他合作的就是著名的阿帕网工程师罗伯特·卡恩。1983年4月，这个叫SIMNET模拟器网络诞生了，这其实就是世界上第一个大规模多人通过模拟器在线的实时联网角色扮演游戏系统。这个模拟器网络产生的当时，索普就意识到这可不仅仅是一个军事设施，这将会是一个数十亿美元规模的产业——因为非常好玩。