邓小平看了部分简报，敏锐地发现了讨论中的偏向。还在讨论中的10月25日，他找胡乔木等谈话，首先肯定了讨论中好的意见说：“这次党内四千人参加的讨论还在进行，我看了一些简报，大家畅所欲言，众说纷纭，有些意见很好。决议讨论稿的篇幅还是太长，要压缩。可以不说的去掉，该说的就可以更突出。”
然后，他严肃、尖锐地指出：“关于毛泽东同志功过的评价和毛泽东思想，写不写、怎么写，的确是个非常重要的问题。我找警卫局的同志谈了一下，他们说，把我前些日子和意大利记者法拉奇的谈话向战士们宣读了，还组织了讨论，干部、战士都觉得这样讲好，能接受。不提毛泽东思想，对毛泽东同志的功过评价不恰当，老工人通不过，土改时候的贫下中农通不过，同他们相联系的一大批干部也通不过。毛泽东思想这个旗帜丢不得。丢掉了这个旗帜，实际上就否定了我们党的光辉历史。
“我们能够取得现在这样的成就，都是同中国共产党的领导、同毛泽东同志的领导分不开的。
“对毛泽东同志的评价，对毛泽东思想的阐述，不是仅仅涉及毛泽东同志个人的问题，这同我们党、我们国家的整个历史是分不开的。要看到这个全局。这是我们从决议起草工作开始的时候就反复强调的。
“决议稿中阐述毛泽东思想的这一部分不能不要。这不只是个理论问题，尤其是个政治问题，是国际国内的很大的政治问题。如果不写或写不好这个部分，整个决议都不如不作。
“现在有些同志把许多问题都归结到毛泽东同志的个人品质上。实际上，不少问题用个人品质是解释不了的。即使是品质很好的人，在有些情况下，也不能避免错误。红军时代中央革命根据地打AB团，打AB团的人品质都不好？开始打AB团的时候，毛泽东同志也参加了，只是他比别人觉悟早，很快发现问题，总结经验教训，到延安时候就提出‘一个不杀、大部不抓’。
“对于错误，包括毛泽东同志的错误，一定要毫不含糊地进行批评，但是一定要实事求是，分析各种不同的情况，不能把所有的问题都归结到个人品质上。毛泽东同志不是孤立的个人，他直到去世，一直是我们党的领袖。对于毛泽东同志的错误，不能写过头。写过头，给毛泽东同志抹黑，也就是给我们党、我们国家抹黑。这是违背历史事实的。”
这是邓小平13次谈话中分量最重的一次。他着重讲评价毛泽东的重大利害关系，要从党的大局出发，不能导致否定党的旗帜和历史。因为中国共产党不比苏联共产党，否定了斯大林，还有列宁作为旗帜。邓小平现身说法地指出，不能光以个人恩怨，把错误都归结到毛泽东个人品质上。邓小平在“文化大革命”中两次被打倒，遭到批斗，身心受到折磨，长子致残，他说“文化大革命”是自己一生中最痛苦的时期。所以，邓小平尽释前嫌，以博大的胸怀从党的根本利益出发，肯定毛泽东，是有资格的，是令人心服口服的。
对于暂时不作决议的意见，邓小平认为，决议一定要作。他后来回顾其必要性说：“这个《决议》，过去也有同志提出，是不是不急于搞？不行，都在等。从国内来说，党内党外都在等，你不拿出一个东西来，重大的问题就没有一个统一的看法。国际上也在等。人们看中国，怀疑我们安定团结的局面，其中也包括这个文件拿得出来拿不出来，早拿出来晚拿出来。所以，不能再晚了，晚了不利。”
与此同时，陈云也发现讨论中出现了较大偏差。11月上旬，他两次找胡乔木谈话，针对讨论中一些人专攻毛泽东的个人品质和责任问题提出了三点意见：一、毛主席的错误问题，主要讲他的破坏民主集中制，凌驾于党之上，一意孤行，打击同他意见不同的人。着重写这个，其他的可以少说。二、整个党中央是否可以说，毛主席的责任是主要的。党中央作为一个教训来说，有责任，没有坚决斗争。假如中央常委的人，除毛主席外都是彭德怀，那么局面会不会有所不同？应该作为一个党中央的集体，把自己的责任承担起来。在斗争时是非常困难的，也许不可能。三、毛主席的错误，地方有些人，有相当大的责任。毛主席老讲北京空气不好，不愿待在北京，这些话的意思，就是不愿同中央常委谈话、见面。总之，党内状况的形成，不是一个人，是个复杂的过程。
他的话，着重点明了责任问题，成为邓小平讲话的重要补充：毛泽东犯错误，党内许多高级领导干部前期不敢指出和批评，甚至迎合他，造成后来错误难以纠正的局势，也是有相当大责任的。陈云长期作为党的中央领导人，曾经几次出来纠正毛泽东的错误、挽救危局，他说这些话也有资格、有分量，同样令人心服口服。
4000人讨论的后期，胡乔木总结了讨论中的18条意见并进行说明，同时，安排改写第四稿。由于长期处于极度紧张疲劳之中，他病倒了，在陈云一天三次催促下，才住院治疗休息。
由于受讨论中少数言论的影响，起草小组11月22日写出的第四稿仍然加重了写毛泽东错误的分量；删去了肯定毛泽东发动“文化大革命”主观上还认为是在拯救、保护中国的社会主义革命等动机的话；增加了“有他个人政治品质和思想作风方面的原因”等话；又提出一个犯错误的“毛泽东晚期思想”，与毛泽东思想的概念互相牵扯不清；对建国以来的成就也讲得不够，有“国民经济被拖到崩溃的边缘”内容。调子比较低沉。
胡乔木住院期间，五次从医院出来同起草小组谈修改问题。他要求大家不要怕压力，不要受讨论中一些消极意见的影响。他说，这次稿子，吸收了好的意见，也受了消极影响，把反面的东西突出得有点过分，似乎把错误讲得慷慨激昂就是实事求是。现在的写法，1957年到1966年的十年，似乎我们就是在那里搞斗争、“反右倾”，没有做其他的事情。应该把这十年的建设成就写出来，说明我们现在赖以前进的基础主要是那十年搞起来的。关于建国以来的错误，胡乔木说，毛主席要负重要责任，但不能归到他一个人身上。现在党内有一股空气，似乎别人的错误可以放过，毛泽东的错误不能放过。研究党史也有一种倾向，就是要翻案，把毛主席的历史作用推翻，这是一种危险的倾向。
1981年2月，起草小组写出第五稿。调子有所提高，删去了“国民经济被拖到崩溃的边缘”，毛泽东“制定和推行了一条左倾路线”等说法。
邓小平看了后，感到仍然没有解决问题，3月9日在谈话中再次重申：现在稿子的调门不对头，和原先设想的方针不对头，好像错误都是老人家（毛泽东）一个人的，别人都对。总的说来，我们犯错误还是没有经验，大家都有责任。他强调，中心问题还是毛泽东、毛泽东思想的历史地位。他尖锐地指出：千万注意，不要把30多年的历史写成黑历史。如果这样，产生的效果就会使人们痛恨我们的党，痛恨我们的决议，痛恨我们写决议的人。3月18日，他再次坚定地指出：这个问题写不好，决议宁肯不写。这是中心，是关键。
但是，究竟如何才能既写透毛泽东晚年错误的性质，又肯定毛泽东、毛泽东思想的历史地位，是个难题。正像胡乔木当时所说，压力很大，总感觉这样兜圈子兜不出去。这时，胡乔木已经去外地养病，接替他主持起草的胡耀邦提出一个新方案，写个简单的稿子，着重联系历史经验，写当前的任务和今后的做法，不算细账。但是，这就不像一个历史决议了。胡乔木表示不同意，邓小平也支持胡乔木的意见。
“山重水复疑无路，柳暗花明又一村。”3月24日，邓小平去医院看望陈云。在谈话中，陈云提出了把中共建国前后60年历史联系起来写的意见，使邓小平长久思考的问题得到了圆满解决。他高兴地对邓力群说：“前天我去看陈云同志。陈云同志对修改决议稿又提了两条意见：一是专门加一篇话，讲讲解放前党的历史，写党的六十年。六十年一写，毛泽东同志的功绩、贡献就会概括得更全面，确立毛泽东同志的历史地位，坚持和发展毛泽东思想，也就有了全面的根据。这个意见很好，请转告起草小组。”
邓力群去见陈云，陈云在四次谈话中更加详细地谈了他的看法。要点是：“决议要按照小平同志的意见，确立毛泽东同志的历史地位，坚持和发展毛泽东思想。要达到这个目的，使大家通过阅读决议很清楚地认识这个问题，就需要写上党成立以来六十年中间毛泽东同志的贡献，毛泽东思想的贡献。因此，建议增加回顾建国以前二十八年历史的段落。有了党的整个历史，解放前解放后的历史，把毛泽东同志在六十年中间重要关头的作用写清楚，那么，毛泽东同志的功绩、贡献就会概括得更全面，确立毛泽东同志的历史地位，坚持和发展毛泽东思想，也就有了全面的根据；说毛泽东同志功绩是第一位的，错误是第二位的，说毛泽东思想指引我们取得了胜利，就更能说服人了。”
陈云还回顾了遵义会议、西安事变、延安整风等重大关头上毛泽东所作的正确决断。他说：“毛泽东同志在党内的威望，是通过长期的革命斗争实践建立起来的。即使毛泽东同志犯错误的时候，许多老干部被整得那么厉害，可是大家仍然相信他，忘不了他的功绩，原因就在这里。老一代人拥护毛泽东同志是真心诚意的。”
胡乔木在第六稿基础上按照陈云的意见组织修改。1981年3月底，拿出了第七稿。最大的变化，是增加了建国前28年党的历史部分。中央决定，6月召开六中全会，准备讨论通过。在此之前，先把第七稿发给中央政治局、书记处成员和一些老同志看，根据意见继续修改。
1981年4月初，按照陈云建议修改的第七稿送彭真、徐向前、邓颖超等几十位老同志审阅，大家普遍肯定了对毛泽东、毛泽东思想的评价，认为比较恰当。但是，仍有个别同志坚持自己在4000人讨论时提的不正确意见。一位担任过副总理的老同志说：4000人大讨论时我提的意见，几乎一条也没有接受。讲毛主席犯路线错误，已经很客气了，不要回避。“文化大革命”是文化反革命。八届十二中全会和九大不合法，这点我不让步。
4月7日，邓小平听了汇报后说：“决议稿已经经过几轮的讨论。讨论中间有许多好意见，要接受。也有些意见不能接受，比如，说八届十二中全会、九大是非法的。如果否定八届十二中全会、九大的合法性，那我们说‘文化大革命’期间党还存在，国务院和人民解放军还能进行许多必要的工作，就站不住了。”他不为所动地说：有的同志不高兴，想不通，对这样一些意见我们就是要硬着头皮顶住，坚定不移地按原来的设想改好决议。
为了说明合法性的问题，胡乔木专门查阅了中共八届十二中全会开幕时周恩来关于出席人数合乎程序要求的说明。邓小平根据这个资料具体地解释说：“八届十二中全会时周恩来同志有个说明，说十位中央委员去世，从候补中央委员中补上十位，这样，中央委员出席的就是五十位，过半数了。这就是讲的合法性。”“有的同志说，‘文化大革命’中党不存在了。不能这样说。党的组织生活停止过一段时间，但是党实际上存在着。否则，怎么能不费一枪一弹，不流一滴血，就粉碎了‘四人帮’呢？‘文化大革命’中间，我们还是有个党存在。如果现在否定了八届十二中全会和九大的合法性，就等于说我们有一段时间党都没有了。这不符合实际。”
参加讨论的实际总人数在5500人以上。
邓小平看过后，又提了些意见，要求尽快改好。他说目的有三条：一是树立毛泽东思想和毛主席形象；二是分清是非；三是不再争论，团结一致向前看。现在的调子可以实现了。
他再次强调了陈云的贡献：“陈云同志提出，前面要加建国以前的二十八年。这是一个很重要的意见，现在前言有了。”
邓小平满意地说：这个《决议》是个好决议，稿子是个好稿子。这个稿子是根据一开始就提出的三项基本要求写的。现在的稿子，是合乎三项基本要求的。
邓小平最后总结说：“总之，中心是两个问题，一个是毛泽东同志的功绩是第一位，还是错误是第一位？第二，我们三十二年，特别是‘文化大革命’前十年，成绩是主要的，还是错误是主要的？是漆黑一团，还是光明是主要的？还有第三个问题，就是这些错误是毛泽东同志一个人的，还是别人也有点份？这个决议稿中多处提到我们党中央要承担责任，别的同志要承担点责任，恐怕这比较合乎实际。第四，毛泽东同志犯了错误，这是一个伟大的革命家犯错误，是一个伟大的马克思主义者犯错误。”
胡乔木在会议上作了说明。会议经过十天讨论，充分肯定了这个决议稿，也提出了一些具体意见，如对“毛泽东晚期思想”认为不够准确。此后，又修改出第八稿和第九稿，决定提交中共十一届六中全会讨论通过。
从6月中旬开始，第九稿提交出席中共十一届六中全会预备会的中央委员和候补委员讨论，同时也向4000人讨论中的1000人及民主党派征求了意见。
6月22日，邓小平在预备会期间讲话说：“我们原来设想，这个决议要高举毛泽东思想的伟大旗帜，实事求是地、恰如其分地评价‘文化大革命’，评价毛泽东同志的功过是非，使这个决议起到像一九四五年那次历史决议所起的作用，就是总结经验，统一思想，团结一致向前看。我想，现在这个稿子能够实现这样的要求。”
他指出：“核心问题是对毛泽东同志的评价，稿子的分寸是掌握得好的。”“第二点，为什么我们这次要强调恰如其分？就是在前一段时间里，对毛泽东同志有些问题的议论讲得太重了，应该改过来。这样比较合乎实际，对我们整个国家、整个党的形象也比较有利。过去有些问题的责任要由集体承担一些，当然，毛泽东同志要负主要责任。我们说，制度是决定因素，那个时候的制度就是那样。那时大家把什么都归功于一个人。有些问题我们确实也没有反对过，因此也应当承担一些责任。……我和陈云同志那时是政治局常委，起码我们两个负有责任。其他的中央领导同志也要承担一些责任。合不合乎实际？也合乎实际。这样站得住脚，益处大。对毛泽东同志的评价，原来讲要实事求是，以后加一个要恰如其分，就是这个意思。”
6月27日至29日，中共十一届六中全会召开，一致通过了《关于建国以来党的若干历史问题的决议》。会议公报指出：“《决议》的通过和发表，对于统一全党、全军、全国各族人民的思想认识，同心同德地为实现新的历史任务而奋斗，必将产生伟大的深远的影响。”这个评价用来评价邓小平主持《决议》起草工作，肯定毛泽东历史地位，坚持和发展毛泽东思想的伟大贡献，也是完全合适的。
通过以上所述，我们看到，正是邓小平、陈云在关键时刻，带领全党，既纠正了毛泽东的错误，又坚持肯定了毛泽东和毛泽东思想的历史地位。他们的坚定态度和巨大贡献，已经载入史册。
邓小平在通过《决议》的中共十一届六中全会闭幕会上掷地有声的讲话，言犹在耳：“《关于建国以来党的若干历史问题的决议》真正是达到了我们原来的要求。这对我们统一党内的思想，有很重要的作用。”“相信这个《决议》能够经得住历史考验。”“我们相信，这个重大的决策，重大的选择，是正确的。”